218490 / 2013-06-06 - Inny: Instytut Badawczy / Instytut Ogrodnictwa (Skierniewice)

Oryginalny toner 12A6765 Czarny (regenerowalny) marki Lexmark

Cena: 3046.71 PLN

Ogłoszenie zawiera informacje aktualizacyjne dotyczące publikacji w biuletynie 1 z dnia 2013-05-20 pod pozycją 195432. Zobacz ogłoszenie 195432 / 2013-05-20 - Inny: Instytut Badawczy.

Numer biuletynu: 1

Pozycja w biuletynie: 218490

Data publikacji: 2013-06-06

Nazwa: Instytut Ogrodnictwa

Ulica: ul. Konstytucji 3 Maja 1/3

Numer domu: 1/3

Miejscowość: Skierniewice

Kod pocztowy: 96-100

Województwo / kraj: łódzkie

Numer telefonu: 46 833 20 21

Numer faxu: 46 833 32 28

Regon: 10102334200000

Typ ogłoszenia: ZP-403

Numer biuletynu: 1

Numer pozycji: 195432

Data wydania biuletynu: 2013-05-20

Czy jest obowiązek publikacji w biuletynie: Tak

Czy zamówienie było ogłoszone w BZP: Tak

Rok ogłoszenia: 2013

Pozycja ogłoszenia: 195432

Czy w BZP zostało zamieszczone ogłoszenie o zmianie: Nie

Ogłoszenie dotyczy: 1

Rodzaj zamawiającego: Inny: Instytut Badawczy

Inny rodzaj zamawiającego: Instytut Badawczy

Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów

Rodzaj zamówienia: U

Przedmiot zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów. SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA: Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skryptu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczane przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program np. FinchTV i Chromas. Wykonawca utworzy dla Zamawiającego na swojej stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Po umieszczenia wyników na stronie internetowej Wykonawca będzie wysyłał do Zamawiającego e-mail z informacją o możliwości odebrania wyników. Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skali 20 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy muszą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy do 3 dni roboczych liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego). Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 µM. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia szczegółowego). Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwość śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur. SEKWENCJONOWANIE 10 TRANSKRYPTOMÓW BAKTERYJNYCH W DWÓCH POWTÓRZENIACH Z OPRACOWANIEM WYNIKÓW: Usługa obejmuje: 1) Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania (w dwóch powtórzeniach) na podstawie otrzymanej próbki RNA o zmniejszonej ilości rRNA. Dostarczona ilość RNA nie będzie mniejsza niż 100 ng. Przygotowane biblioteki mają umożliwić sekwencjonowanie zarówno transkryptów genów jak i frakcji małych RNA (50-200 zasad). W przypadku gdy genom badanego szczepu będzie nieznany lub bardzo odmienny od sekwencji referencyjnej usługa powinna obejmować także przygotowanie biblioteki fragmentów losowych (ang. shotgun) DNA genomowego. 2) Sekwencjonowanie przez syntezę (w dwóch powtórzeniach) ze sparowanymi odczytami o długości 250 zasad. W przypadku sekwencjonowania biblioteki DNA genomowego wymagana jest minimalne średnie pokrycie na poziomie 50x. 3) Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS: - złożenie de novo genomu badanej bakterii do kontigów oraz ich annotacje (jeżeli wymagane przez Zamawiającego) - określenie profilu ekspresji genów zarówno przy znanej jak i nieznanej sekwencji genomu, - analiza profili ekspresji różnych próbek z możliwością przedstawienia wyników w tabelach według specyfikacji Zamawiającego, - wytypowanie genów o statystycznie znaczącej różnicy ekspresji w dwóch różnych próbkach za pomocą narzędzi pakietu R/Bioconductor edgeR oraz/lub DESeq (w tym analiza jakościowa oraz wizualne przedstawienie wyników), - annotacje genów terminami ontologicznymi z bazy danych Gene Onthology oraz dostępnymi informacjami na temat ścieżek metabolicznych z bazy danych KEGG. Czas wykonania - do 10 dni roboczych od momentu przekazania próbki do Wykonawcy. Zamawiający będzie przesyłał próbki pojedynczo. Zamawiający zastrzega, że wyszczególnione w tabeli ilości zamawianych usług są planowane i mogą ulec zmianie w trakcie realizacji umowy (zmniejszeniu/zwiększeniu w poszczególnych pozycjach do wysokości 20% planowanej ilości) bez przekraczania maksymalnej wartości przedmiotu zamówienia

Kody CPV:
731110003 (Laboratoryjne usługi badawcze)

Kod trybu postepowania: PN

Czy zamówienie dotyczy programu UE: Nie

Nazwa wykonawcy: GENOMED S.A.

Adres pocztowy wykonawcy: ul. Ponczowa 12

Miejscowość: Warszawa

Kod pocztowy: 02-971

ID województwa: 6

Województwo / kraj: mazowieckie

Data udzielenie zamówienia: 05/06/2013

Liczba ofert: 1

Szacunkowa wartość zamówienia: 145275,00

Cena wybranej oferty: 119617,50

Cena minimalna: 119617,50

Cena maksymalna: 119617,50

Kod waluty: 1

Waluta (PLN): PLN

Podobne przetargi