195432 / 2013-05-20 - Inny: Instytut Badawczy / Instytut Ogrodnictwa (Skierniewice)

Oryginalny bęben B2349510 Czarny marki Ricoh

Cena: 2662.52 PLN

Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów

Opis zamówienia

Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA
i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów.

SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA:
Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skryptu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczane przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program np. FinchTV i Chromas.
Wykonawca utworzy dla Zamawiającego na swojej stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Po umieszczenia wyników na stronie internetowej Wykonawca będzie wysyłał do Zamawiającego e-mail z informacją o możliwości odebrania wyników.
Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę.
Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze.

SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW:
Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skali 20 nmol.
Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy.
Oligonukleotydy muszą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów.
Czas dostawy do 3 dni roboczych liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego).
Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 µM.
Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia szczegółowego).
Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwość śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur.

SEKWENCJONOWANIE 10 TRANSKRYPTOMÓW BAKTERYJNYCH W DWÓCH POWTÓRZENIACH Z OPRACOWANIEM WYNIKÓW:
Usługa obejmuje:
1) Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania (w dwóch powtórzeniach) na podstawie otrzymanej próbki RNA o zmniejszonej ilości rRNA. Dostarczona ilość RNA nie będzie mniejsza niż 100 ng. Przygotowane biblioteki mają umożliwić sekwencjonowanie zarówno transkryptów genów jak i frakcji małych RNA (50-200 zasad). W przypadku gdy genom badanego szczepu będzie nieznany lub bardzo odmienny od sekwencji referencyjnej usługa powinna obejmować także przygotowanie biblioteki fragmentów losowych (ang. shotgun) DNA genomowego.
2) Sekwencjonowanie przez syntezę (w dwóch powtórzeniach) ze sparowanymi odczytami o długości 250 zasad. W przypadku sekwencjonowania biblioteki DNA genomowego wymagana jest minimalne średnie pokrycie na poziomie 50x.
3) Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS:
- złożenie de novo genomu badanej bakterii do kontigów oraz ich annotacje (jeżeli wymagane przez Zamawiającego)
- określenie profilu ekspresji genów zarówno przy znanej jak i nieznanej sekwencji genomu,
- analiza profili ekspresji różnych próbek z możliwością przedstawienia wyników w tabelach według specyfikacji Zamawiającego,
- wytypowanie genów o statystycznie znaczącej różnicy ekspresji w dwóch różnych próbkach za pomocą narzędzi pakietu R/Bioconductor edgeR oraz/lub DESeq
(w tym analiza jakościowa oraz wizualne przedstawienie wyników),
- annotacje genów terminami ontologicznymi z bazy danych Gene Onthology oraz dostępnymi informacjami na temat ścieżek metabolicznych z bazy danych KEGG.
Czas wykonania - do 10 dni roboczych od momentu przekazania próbki do Wykonawcy.
Zamawiający będzie przesyłał próbki pojedynczo.

Zamawiający zastrzega, że wyszczególnione w tabeli ilości zamawianych usług są planowane i mogą ulec zmianie w trakcie realizacji umowy (zmniejszeniu/zwiększeniu w poszczególnych pozycjach do wysokości 20% planowanej ilości) bez przekraczania maksymalnej wartości przedmiotu zamówienia.

Numer biuletynu: 1

Pozycja w biuletynie: 195432

Data publikacji: 2013-05-20

Nazwa: Instytut Ogrodnictwa

Ulica: ul. Konstytucji 3 Maja 1/3

Numer domu: 1/3

Miejscowość: Skierniewice

Kod pocztowy: 96-100

Województwo / kraj: łódzkie

Numer telefonu: 46 833 20 21

Numer faxu: 46 833 32 28

Adres strony internetowej: www.inhort.pl

Regon: 10102334200000

Typ ogłoszenia: ZP-400

Czy jest obowiązek publikacji w biuletynie: Tak

Ogłoszenie dotyczy: 1

Rodzaj zamawiającego: Inny: Instytut Badawczy

Inny rodzaj zamawiającego: Instytut Badawczy

Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów

Rodzaj zamówienia: U

Przedmiot zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA
i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów.

SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA:
Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skryptu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczane przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program np. FinchTV i Chromas.
Wykonawca utworzy dla Zamawiającego na swojej stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Po umieszczenia wyników na stronie internetowej Wykonawca będzie wysyłał do Zamawiającego e-mail z informacją o możliwości odebrania wyników.
Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę.
Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze.

SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW:
Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skali 20 nmol.
Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy.
Oligonukleotydy muszą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów.
Czas dostawy do 3 dni roboczych liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego).
Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 µM.
Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia szczegółowego).
Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwość śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur.

SEKWENCJONOWANIE 10 TRANSKRYPTOMÓW BAKTERYJNYCH W DWÓCH POWTÓRZENIACH Z OPRACOWANIEM WYNIKÓW:
Usługa obejmuje:
1) Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania (w dwóch powtórzeniach) na podstawie otrzymanej próbki RNA o zmniejszonej ilości rRNA. Dostarczona ilość RNA nie będzie mniejsza niż 100 ng. Przygotowane biblioteki mają umożliwić sekwencjonowanie zarówno transkryptów genów jak i frakcji małych RNA (50-200 zasad). W przypadku gdy genom badanego szczepu będzie nieznany lub bardzo odmienny od sekwencji referencyjnej usługa powinna obejmować także przygotowanie biblioteki fragmentów losowych (ang. shotgun) DNA genomowego.
2) Sekwencjonowanie przez syntezę (w dwóch powtórzeniach) ze sparowanymi odczytami o długości 250 zasad. W przypadku sekwencjonowania biblioteki DNA genomowego wymagana jest minimalne średnie pokrycie na poziomie 50x.
3) Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS:
- złożenie de novo genomu badanej bakterii do kontigów oraz ich annotacje (jeżeli wymagane przez Zamawiającego)
- określenie profilu ekspresji genów zarówno przy znanej jak i nieznanej sekwencji genomu,
- analiza profili ekspresji różnych próbek z możliwością przedstawienia wyników w tabelach według specyfikacji Zamawiającego,
- wytypowanie genów o statystycznie znaczącej różnicy ekspresji w dwóch różnych próbkach za pomocą narzędzi pakietu R/Bioconductor edgeR oraz/lub DESeq
(w tym analiza jakościowa oraz wizualne przedstawienie wyników),
- annotacje genów terminami ontologicznymi z bazy danych Gene Onthology oraz dostępnymi informacjami na temat ścieżek metabolicznych z bazy danych KEGG.
Czas wykonania - do 10 dni roboczych od momentu przekazania próbki do Wykonawcy.
Zamawiający będzie przesyłał próbki pojedynczo.

Zamawiający zastrzega, że wyszczególnione w tabeli ilości zamawianych usług są planowane i mogą ulec zmianie w trakcie realizacji umowy (zmniejszeniu/zwiększeniu w poszczególnych pozycjach do wysokości 20% planowanej ilości) bez przekraczania maksymalnej wartości przedmiotu zamówienia.

Czy zamówienie jest podzielone na części: Nie

Czy dopuszcza się złożenie oferty wariantowej: Nie

Czy jest dialog: Nie

Czy przewiduje się udzielenie zamówień uzupełniających: Tak

Określenie zamówień uzupełniających:
Zamawiający przewiduje udzielenie zamówień uzupełniających, o których mowa w art. 67 ust. 1 pkt 6 ustawy Pzp, w wysokości nie więcej niż 50% wartości zamówienia podstawowego

Czas: D

Data zakończenia: 30/09/2014

Informacja na temat wadium: Zamawiający nie wymaga wniesienia wadium

Zaliczka: Nie

Uprawnienia:
Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

Wiedza i doświadczenie:
Warunek ten zostanie spełniony, jeśli Wykonawca wykaże, że w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wykonał lub wykonuje minimum dwie usługi sekwencjonowania genomowego, oraz załączy dowody, że zostały wykonane lub są wykonywane należycie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, wyłącznie w oparciu o oświadczenia i dokumenty załączone do oferty

Potencjał techniczny:
Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

Osoby zdolne do zrealizowania zamówienia:
Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

Sytuacja ekonomiczna:
Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

Oświadczenie nr 4: Tak

Oświadczenie wykluczenia nr 1: Tak

Oświadczenie wykluczenia nr 2: Tak

Oświadczenie wykluczenia nr 8: Tak

Dokumenty grupy kapitałowej: Tak

Dokumenty podmiotów zagranicznych: Tak

inne_dokumenty:
1. Jeżeli Wykonawca powołuje się przy wykazywaniu spełniania warunków udziału w postępowaniu, na potencjał innych podmiotów załączy pisemne zobowiązanie tych podmiotów do oddania mu do dyspozycji niezbędnych zasobów na okres korzystania z nich przy wykonywaniu zamówienia. Przez pisemne zobowiązanie Zamawiający rozumie zobowiązanie złożone w oryginale podpisane przez osobę/osoby upoważnione zgodnie z zasadami reprezentacji podmiotu udostępniającego dany zasób. 2. Jeżeli Wykonawca, wykazując spełnianie warunków o których mowa w art. 22 ust. 1 ustawy, polega na zasobach innych podmiotów na zasadach określonych w art. 26 ust. 2b ustawy, Zamawiający, w celu oceny, czy Wykonawca będzie dysponował zasobami innych podmiotów w stopniu niezbędnym dla należytego wykonania zamówienia oraz oceny, czy stosunek łączący Wykonawcę z tymi podmiotami gwarantuje rzeczywisty dostęp do ich zasobów, żąda dokumentów dotyczących w szczególności: a) zakresu dostępnych Wykonawcy zasobów innego podmiotu, b) sposobu wykorzystania zasobów innego podmiotu, przez wykonawcę, przy wykonywaniu zamówienia, c) charakteru stosunku, jaki będzie łączył Wykonawcę z innym podmiotem, d) zakresu i okresu udziału innego podmiotu przy wykonywaniu zamówienia. 3. Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia a) Wykonawcy ci ustanawiają pełnomocnika do reprezentowania ich w postępowaniu albo do reprezentowania ich w postępowaniu i zawarcia umowy w sprawie zamówienia publicznego. b) Wykonawcy ci składają jedną ofertę, przy czym: - dokumenty wymienione w pkt III.4.2 i III.4.4 ogłoszenia potwierdzające, że Wykonawca nie podlega wykluczeniu składa każdy z Wykonawców oddzielnie, - pozostałe dokumenty składa co najmniej jeden z tych Wykonawców albo wszyscy ci Wykonawcy wspólnie. c) Wykonawcy wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia, których oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą, przed zawarciem umowy będą zobowiązani przedstawić Zamawiającemu umowę regulującą współpracę tych Wykonawców. 4. Jeżeli w kraju miejsca zamieszkania osoby lub w kraju, w którym Wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, nie wydaje się dokumentów, o których mowa powyżej, zastępuje się dokumentem zawierającym oświadczenie, w którym określa się także osoby do reprezentacji Wykonawcy, złożone przed właściwym organem sądowym, administracyjnym albo organem samorządu zawodowego lub gospodarczego odpowiednio kraju miejsca zamieszkania osoby lub kraju, w którym Wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, lub przed notariuszem. Termin wystawienia stosuje się odpowiednio.

III.7 osoby niepełnosprawne: Nie

Kod trybu postepowania: PN

Czy zmiana umowy: Tak

Zmiana umowy:
1) możliwość zmiany wysokości wynagrodzenia w przypadku promocyjnego obniżenia cen jednostkowych przez Wykonawcę,
2) możliwość zmiany wysokości wynagrodzenia w przypadku zmiany urzędowej stawki podatku VAT, przy czym zmianie ulegnie wyłącznie cena brutto, cena netto pozostanie bez zmian,
3) możliwość zmiany terminu realizacji usługi szczegółowej lub terminu końcowego realizacji umowy w przypadku wystąpienia zdarzeń losowych, niezależnych od Stron. Pod pojęciem zdarzeń losowych Strony rozumieją okoliczności, które pomimo zachowania należytej staranności są nieprzewidywalne oraz którym nie można zapobiec lub przeciwstawić się skutecznie np. klęska żywiołowa, strajk lub inne. Terminy określone w § 2 ust. 1 umowy mogą ulec przedłużeniu o okres trwania przeszkody uniemożliwiającej realizację umowy.

Kod kryterium cenowe: A

Adres uzyskania specyfikacji i warunków zamówienia:
Instytut Ogrodnictwa, Oddział Sadownictwa, 96-100 Skierniewice, ul. Pomologiczna 18, pok. nr 35 - Dział Zamówień Publicznych

Data składania wniosków, ofert: 28/05/2013

Godzina składania wniosków, ofert: 12:00

Miejsce składania:
Instytut Ogrodnictwa, Oddział Sadownictwa, 96-100 Skierniewice, ul. Pomologiczna 18, pok. nr 26

On: O

Termin związania ofertą, liczba dni: 30

Czy unieważnienie postępowania: Nie

Kody CPV:
731110003 (Laboratoryjne usługi badawcze)

Podobne przetargi