110175 / 2014-05-22 - Inny: Instytut Badawczy / Instytut Ogrodnictwa (Skierniewice)

Usługa sekwencjonowania genomowego

do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-07, z dnia 15.09.2009 r

Opis zamówienia

Przedmiotem zamówienia jest: wykonanie usługi reakcji sekwencjonowania genomowego NGS polegająca na sekwencjonowaniu z przygotowaniem 48 barkodowanych bibliotek amplifikowanych fragmentów DNA wraz z opracowaniem wyników.
Usługa obejmuje przygotowanie barkodowanych (znakowanych za pomocą swoistych sekwencji adaptorowych) produktów PCR oraz ich sekwencjonowanie na sekwenatorze pracującym w technologii sparowanych końców MiSeq 2x300bp PE. Zamawiający dostarczy Wykonawcy niezmieszane fragmenty DNA (produkty PCR) zamplifikowane z użyciem dostarczonych przez Wykonawcę zestawów starterów PCR w ilości nie mniejszej niż 100 ng każdy. Sumaryczna ilość odczytanych zasad z jednego sekwencjonowania to maksymalnie 25 mln sparowanych odczytów. Średnia długość pojedynczego odczytu to 300 zasad. Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS obejmuje klasyfikację sekwencji do poziomu gatunku w oparciu o bazę danych sekwencji referencyjnych 16S rRNA oraz ITS (97% i 99% podobieństwa), drzewa filogenetyczne, podstawowe statystyki znalezionych jednostek taksonomicznych, wykresy (słupkowy, kołowy i powierzchniowy) składu taksonomicznego oraz analizy alpha- i beta-diversity (m.in. Chao1, odległość filogenetyczna, wykresy PcoA, UPGMA).
Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie plików reakcji sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane Zamawiającemu w wersji elektronicznej w terminie do 30 dni od momentu dostarczenia przez Zamawiającego do Wykonawcy kompletu 48 prób DNA.
Zamawiający dostarczy Wykonawcy komplet 96 amplikonów (48 amplikonów 16S rRNA oraz 48 amplikonów ITS) w terminie do 10 dni licząc od daty podpisania umowy

Szczegółowy zakres praw i obowiązków związanych z realizacją zamówienia określa wzór umowy stanowiący załącznik do SIWZ

Numer biuletynu: 1

Pozycja w biuletynie: 110175

Data publikacji: 2014-05-22

Nazwa: Instytut Ogrodnictwa

Ulica: ul. Konstytucji 3 Maja 1/3

Numer domu: 1/3

Miejscowość: Skierniewice

Kod pocztowy: 96-100

Województwo / kraj: łódzkie

Numer telefonu: 46 833 20 21

Numer faxu: 46 833 32 28

Adres strony internetowej: ww.inhort.pl

Regon: 10102334200000

Typ ogłoszenia: ZP-400

Czy jest obowiązek publikacji w biuletynie: Tak

Ogłoszenie dotyczy: 1

Rodzaj zamawiającego: Inny: Instytut Badawczy

Inny rodzaj zamawiającego: Instytut Badawczy

Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
Usługa sekwencjonowania genomowego

do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-07, z dnia 15.09.2009 r

Rodzaj zamówienia: U

Przedmiot zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest: wykonanie usługi reakcji sekwencjonowania genomowego NGS polegająca na sekwencjonowaniu z przygotowaniem 48 barkodowanych bibliotek amplifikowanych fragmentów DNA wraz z opracowaniem wyników.
Usługa obejmuje przygotowanie barkodowanych (znakowanych za pomocą swoistych sekwencji adaptorowych) produktów PCR oraz ich sekwencjonowanie na sekwenatorze pracującym w technologii sparowanych końców MiSeq 2x300bp PE. Zamawiający dostarczy Wykonawcy niezmieszane fragmenty DNA (produkty PCR) zamplifikowane z użyciem dostarczonych przez Wykonawcę zestawów starterów PCR w ilości nie mniejszej niż 100 ng każdy. Sumaryczna ilość odczytanych zasad z jednego sekwencjonowania to maksymalnie 25 mln sparowanych odczytów. Średnia długość pojedynczego odczytu to 300 zasad. Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS obejmuje klasyfikację sekwencji do poziomu gatunku w oparciu o bazę danych sekwencji referencyjnych 16S rRNA oraz ITS (97% i 99% podobieństwa), drzewa filogenetyczne, podstawowe statystyki znalezionych jednostek taksonomicznych, wykresy (słupkowy, kołowy i powierzchniowy) składu taksonomicznego oraz analizy alpha- i beta-diversity (m.in. Chao1, odległość filogenetyczna, wykresy PcoA, UPGMA).
Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie plików reakcji sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane Zamawiającemu w wersji elektronicznej w terminie do 30 dni od momentu dostarczenia przez Zamawiającego do Wykonawcy kompletu 48 prób DNA.
Zamawiający dostarczy Wykonawcy komplet 96 amplikonów (48 amplikonów 16S rRNA oraz 48 amplikonów ITS) w terminie do 10 dni licząc od daty podpisania umowy

Szczegółowy zakres praw i obowiązków związanych z realizacją zamówienia określa wzór umowy stanowiący załącznik do SIWZ

Czy zamówienie jest podzielone na części: Nie

Czy dopuszcza się złożenie oferty wariantowej: Nie

Czy jest dialog: Nie

Czy przewiduje się udzielenie zamówień uzupełniających: Nie

Czas: O

Okres trwania zamówienia w dniach: 40

Informacja na temat wadium: Zamawiający nie wymaga wniesienia wadium

Zaliczka: Nie

Wiedza i doświadczenie:
Warunek ten zostanie spełniony, jeśli Wykonawca wykaże , że w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wykonał lub wykonuje minimum trzy usługi sekwencjonowania genomowego oraz załączy dowody, ze zostały wykonane lub są wykonywane należycie.Ocena spełnienia warunków wymaganych od Wykonawców zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia wyłącznie w oparciu o oświadczenia i dokumenty załączone do oferty.

Oświadczenie nr 4: Tak

Oświadczenie nr 5: Tak

oswiadczenie_potwierdzenia_opis_5: minimum trzy usługi sekwencjonowania genomowego

Oświadczenie nr 9: Tak

Oświadczenie nr 10: Tak

Oświadczenie wykluczenia nr 1: Tak

Oświadczenie wykluczenia nr 2: Tak

Oświadczenie wykluczenia nr 8: Tak

Dokumenty grupy kapitałowej: Tak

Dokumenty podmiotów zagranicznych: Tak

inne_dokumenty:
1. Jeżeli Wykonawca powołuje się przy wykazywaniu spełniania warunków udziału w postępowaniu, na potencjał innych podmiotów załączy pisemne zobowiązanie tych podmiotów do oddania mu do dyspozycji niezbędnych zasobów na okres korzystania z nich przy wykonywaniu zamówienia. Przez pisemne zobowiązanie Zamawiający rozumie zobowiązanie złożone w oryginale podpisane przez osobę/osoby upoważnione zgodnie z zasadami reprezentacji podmiotu udostępniającego dany zasób. 2. Jeżeli Wykonawca, wykazując spełnianie warunków o których mowa w art. 22 ust. 1 ustawy, polega na zasobach innych podmiotów na zasadach określonych w art. 26 ust. 2b ustawy, Zamawiający, w celu oceny, czy Wykonawca będzie dysponował zasobami innych podmiotów w stopniu niezbędnym dla należytego wykonania zamówienia oraz oceny, czy stosunek łączący Wykonawcę z tymi podmiotami gwarantuje rzeczywisty dostęp do ich zasobów, żąda dokumentów dotyczących w szczególności: a) zakresu dostępnych Wykonawcy zasobów innego podmiotu, b) sposobu wykorzystania zasobów innego podmiotu, przez wykonawcę, przy wykonywaniu zamówienia, c) charakteru stosunku, jaki będzie łączył Wykonawcę z innym Strona 4 podmiotem, d) zakresu i okresu udziału innego podmiotu przy wykonywaniu zamówienia. 3. Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia a) Wykonawcy ci ustanawiają pełnomocnika do reprezentowania ich w postępowaniu albo do reprezentowania ich w postępowaniu i zawarcia umowy w sprawie zamówienia publicznego. b) Wykonawcy ci składają jedną ofertę, przy czym: - dokumenty wymienione w pkt III.4.2 i III.4.4 ogłoszenia potwierdzające, że Wykonawca nie podlega wykluczeniu składa każdy z Wykonawców oddzielnie, - pozostałe dokumenty składa co najmniej jeden z tych Wykonawców albo wszyscy ci Wykonawcy wspólnie. c) Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia, których oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą, przed zawarciem umowy będą zobowiązani przedstawić Zamawiającemu umowę regulującą współpracę tych Wykonawców. 4. Jeżeli w kraju miejsca zamieszkania osoby lub w kraju, w którym Wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, nie wydaje się dokumentów, o których mowa powyżej, zastępuje się dokumentem zawierającym oświadczenie, w którym określa się także osoby do reprezentacji Wykonawcy, złożone przed właściwym organem sądowym, administracyjnym albo organem samorządu zawodowego lub gospodarczego odpowiednio kraju miejsca zamieszkania osoby lub kraju, w którym Wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, lub przed notariuszem. Termin wystawienia stosuje się odpowiednio.

III.7 osoby niepełnosprawne: Nie

Kod trybu postepowania: PN

Czy zmiana umowy: Tak

Zmiana umowy:
1) możliwości zmiany wysokości wynagrodzenia w przypadku zmiany urzędowej stawki podatku VAT, przy czym zmianie ulegnie wyłącznie cena brutto, cena netto pozostanie bez zmian,
2) możliwości zmiany terminu realizacji umowy w przypadku wystąpienia zdarzeń losowych, niezależnych od Stron. Pod pojęciem zdarzeń losowych Strony rozumieją okoliczności, które pomimo zachowania należytej staranności są nieprzewidywalne oraz którym nie można zapobiec lub przeciwstawić się skutecznie np. klęska żywiołowa, strajk lub inne. Terminy określone w § 2 ust. 1 umowy mogą ulec przedłużeniu o okres trwania przeszkody uniemożliwiającej realizację umowy.

Kod kryterium cenowe: A

Adres uzyskania specyfikacji i warunków zamówienia:
Instytut Ogrodnictwa, Oddział Sadownictwa, 96-100 Skierniewice, ul. Pomologiczna 18, pok. nr 36 - Dział Zamówień Publicznych

Data składania wniosków, ofert: 30/05/2014

Godzina składania wniosków, ofert: 12:00

Miejsce składania:
Instytut Ogrodnictwa, Oddział Sadownictwa, 96-100 Skierniewice, ul. Pomologiczna 18, pok. nr 26

On: O

Termin związania ofertą, liczba dni: 30

Informacje dodatkowe:
Zamówienie finansowane jest ze środków projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych, nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-07, z dnia 15.09.2009 r. Projekt współfinansowany przez Unię Europejską z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Działania 1.3 Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka 2007 - 2013, Poddziałanie 1.3.1

Czy unieważnienie postępowania: Nie

Osoby zdolne do zrealizowania zamówienia:
Warunek ten zostanie spełniony, jeśli Wykonawca wykaże, że dysponuje lub będzie dysponował przy realizacji zamówienia minimum dwoma osobami z wykształceniem co najmniej wyższym, którzy posiadają co najmniej trzyletnie doświadczenie w wykonywaniu sekwencjonowania genomowego. Ocena spełnienia warunków wymaganych od Wykonawców zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia wyłącznie w oparciu o oświadczenia i dokumenty załączone do oferty.

Kody CPV:
731110003 (Laboratoryjne usługi badawcze)

Podobne przetargi