60733 / 2011-02-22 - Uczelnia publiczna / Politechnika Åódzka, WydziaÅ‚ Biotechnologii i Nauk o Å»ywnoÅ›ci (Åódź)
Ogłoszenie zawiera informacje aktualizacyjne dotyczące publikacji w biuletynie 1 z dnia 2011-02-07 pod pozycją 43335. Zobacz ogłoszenie 43335 / 2011-02-07 - Uczelnia publiczna.
Numer biuletynu: 1
Pozycja w biuletynie: 60733
Data publikacji: 2011-02-22
Nazwa:
Politechnika Łódzka, Wydział Biotechnologii i Nauk o Żywności
Ulica: ul. Wólczańska 171/173
Miejscowość: Łódź
Kod pocztowy: 90-924
Województwo / kraj: łódzkie
Numer telefonu: 42 6313408
Numer faxu: 42 6313408
Regon: 00000158300000
Typ ogłoszenia: ZP-403
Numer biuletynu: 1
Numer pozycji: 43335
Data wydania biuletynu: 2011-02-07
Czy jest obowiązek publikacji w biuletynie: Tak
Czy zamówienie było ogłoszone w BZP: Tak
Rok ogłoszenia: 2011
Pozycja ogłoszenia: 43335
Czy w BZP zostało zamieszczone ogłoszenie o zmianie: Nie
Ogłoszenie dotyczy: 1
Rodzaj zamawiającego: Uczelnia publiczna
Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego: W-5 ZP/3/2011
Rodzaj zamówienia: D
Przedmiot zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest usługa badawcza polegająca na: sekwencjonowaniu i ustaleniu konsensusu sekwencji DNA genomowego szczepu bakterii oraz jego annotacji. Ze względu na brak jednoznacznych danych, pozwalających oszacować wielkość genomu oraz ilość dodatkowego DNA, zawierającego się w obecnych w szczepie plazmidach, zamawiamy wykonanie usługi w czterech etapach z możliwością rezygnacji z kontynuacji badania przez każdą ze stron po zakończeniu danego etapu:
Etap I: Wykonanie biblioteki genomowej oraz pojedynczego odczytu na sekwenatorze genomowym o pokryciu 35 mln zasad. Odczyt ten ma umożliwić oszacowanie % zawartości plazmidów oraz przybliżonej wielkość genomu badanego organizmu. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane zleceniodawcy.
Etap II: Wykonanie dwóch dodatkowych odczytów na sekwenatorze, dające w sumie z odczytem pierwszym około 100 mln zasad. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów oraz plików wynikowych *.sff oraz *.fna i *.qual zostana przekazane zleceniodawcy.
Etap III: Ustalenie konsensusu sekwencji genomu badanej bakterii oraz obecnych w preparacie plazmidów na podstawie odczytów sekwencji z Etapu I i II z jakością odpowiadającą obecności jednego błędnego nukleotydu na milion zasad. Wycena tego etapu zostanie wykonana na 4 mln zasad z określeniem ceny za każde dodatkowe rozpoczęte 100 tyś. zasad.
Etap IV: Wykonanie annotacji genomu, obejmującej zidentyfikowanie genów, ustalenie poziomu homologii wydedukowanej sekwencji aminokwasowej zidentyfikowanych genów do sekwencji w bazach danych oraz mapę genomu. Wyniki annotacji w postaci plików komputerowych zostaną przekazane zleceniodawcy. Termin wykonania etapu IV: do 2 miesięcy od dostarczenia pisemnego zlecenia od zleceniodawcy. o ilościach określonych w Formularzu Cenowym, stanowiącym Załącznik Nr 2 do SIWZ.
Kod trybu postepowania: PN
Czy zamówienie dotyczy programu UE: Nie
Nazwa wykonawcy: GENOMED S.A.
Adres pocztowy wykonawcy: ul. Ponczowa 12
Miejscowość: Warszawa
Kod pocztowy: 02-971
ID województwa: 6
Województwo / kraj: mazowieckie
Nazwa:
W-5 ZP/3/2011.
Usługa badawcza polegająca na: sekwencjonowaniu i ustaleniu konsensusu sekwencji DNA genomowego szczepu bakterii oraz jego annotacji. Ze względu na brak jednoznacznych danych, pozwalających oszacować wielkość genomu oraz ilość dodatkowego DNA, zawierającego się w obecnych w szczepie plazmidach,
Nr częsci: 1
Data udzielenie zamówienia: 21/02/2011
Liczba ofert: 1
Liczba odrzuconych ofert: 0
Szacunkowa wartość zamówienia: 82000,00
Cena wybranej oferty: 95325,00
Cena minimalna: 95325,00
Cena maksymalna: 95325,00
Kod waluty: 1
Waluta (PLN): PLN
Kody CPV: 431100006